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普洱茶由茶菁採收到曬青毛茶製作完成這個階段，相較於其它茶品的製作工藝來的簡單，加上雲南大葉種茶菁本身內含物質較為豐富，若沒透過後發酵這樣的程序讓茶醇化，多數新茶的苦澀度會偏高，然而何謂後發酵? 普洱茶的後發酵是來自於酶促氧化、非酶促氧化作用與微生物作用等三種，其中微生物作用指的是 …由於毛茶製程低溫，茶葉表面殘留的微生物種群，加上陳放時所新生的微生物，能促使茶多酚的氧化、縮合，氨基酸的分解、降解，碳水化合物的分解以及各種產物之間的聚合、縮合等一系列生化反應。
由於微生物作用自始至終對普洱茶品質的形成發揮著積極的作用，自然普洱茶本身含有微生物並不奇怪，然而大家關心的是…會不會將微生物中的細菌、黴菌或其他害菌喝下肚呢? 科學研究有助於我們釐清真相，我找了一系列的相關學術文獻，彙整如下提供給各位參考。
1.哪些微生物會存在於普洱茶(乾茶)中?
『普洱茶發酵過程中微生物類群分析』這篇文獻指出，細菌、黴菌、酵母菌與放線菌分別存在普洱茶製作過程中的各階段，如下圖 :
普洱茶後發酵的主要微生物是黴菌與酵母菌，細菌數量不多，而且多為乳酸菌(細菌中的益菌)。黴菌產生了大量的多醣和單醣，為酵母提供足夠的營養使其迅速繁殖，促使茶葉轉化出香甜、醇滑的特點。此外，黴菌主要是曲霉類(亦寫做麴黴)的真菌，如黑曲霉、棒曲霉、米曲霉、灰綠曲霉、土曲霉…等，其中黑曲霉(1)(食品工業上用來生產檸檬酸與酵素)數量居優勢。
至於有沒有致病的霉菌毒素產生? 台大陳秋娥的『普洱茶中黴菌毒素之研究』中指出，從市售44種普洱茶樣本的檢驗結果顯示，普洱茶中可能存在的四種黴菌毒素-黃麴毒素（aflatoxins）、黃黴毒素（sterigmatocystin）、赭麴毒素（ochratoxin A）和橘毒素（citrinin）均未發現。
『普洱茶飲用安全性研究』這篇文獻指出，實驗中的三款樣本茶均未檢驗出大腸菌群等腸道致病菌
在『陳香普洱茶品質安全性評價與分析』這篇研究中指出，11款樣本中有一款(熟茶)檢驗出致病的沙門氏菌(沙門氏桿菌不耐熱，80度C以上熱水就淋死它了)，其餘的金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、黃曲霉毒素等均未檢出。
既然普洱茶乾中含有大量的細菌、霉菌、酵母菌等，經過沖泡後的茶湯呢? 飲用的安全性呢?
2.普洱茶湯的微生物檢驗
『普洱茶飲用安全性研究』這篇文獻指出，普洱茶湯經過培養後，沒有發現霉菌菌落生長，僅有細菌與酵母菌落(這一點與前中興大學區少梅教授於2001年的實驗研究顯示相同)，而經過沖泡的茶湯，其菌落數相較於茶乾，大幅減少了88.2%~97.5%，不過茶湯中菌落總數仍高於茶飲料微生物指標限量(台灣200 cfu/g，大陸100 cfu/g)。既然菌落總數高於政府食品衛生單位的標準，普洱茶還能喝嗎?
『普洱茶沖泡過程中細菌的安全性分析』這篇文獻指出，普洱熟茶細菌菌落數高於普洱生茶，而散茶又高於緊壓茶；普洱茶第一沖茶湯中細菌菌落數超過規範( GB/T 19296-2003 明定茶飲料菌落數不高於 100 cfu/g )，且從第一沖茶湯中能檢驗出致病菌，而其他沖泡批次茶湯中的菌落總數與菌種，都符合安全標準，適合飲用。(詳如下圖與下表)
這篇研究告訴我們普洱茶在沖泡時，第一沖沸水洗茶10秒是必要的動作，它能殺死霉菌外，並將殺不死的菌自茶乾中沖出，因為第二沖茶湯的菌落數大幅減少了69%。此外，該研究經過生化鑒定茶湯中的菌種，確定某樣本第一沖茶湯中有大腸桿菌，另一種菌研判是致病的金黃色葡萄球菌，第二沖以後的茶湯就沒檢驗出致病菌了。
3.重金屬與農藥殘留的問題
要了解這個問題前，建議參考這篇文 – 漫談農藥殘留
在『陳香普洱茶品質安全性評價與分析』這篇研究中指出，11款樣本的農殘檢出值為零，重金屬鉛的含量，只有一個樣本(1960年民族團結康磚茶)不合格，其餘都符合茶葉衛生標準與食品中汙染物限量要求。
『普洱茶衛生與安全控制及相關研究現狀』這篇文獻指出，茶葉原料中，茶多酚和咖啡鹼是最重要的保健功能成分，在正常飲用條件下，具有多種保健功能，但是超大劑量茶多酚和咖啡鹼的攝入，會引起毒副作用反映。該研究將普洱茶樣本分為三大類-濕熱作用陳化型普洱茶(純乾倉或自然乾倉)、渥堆微生物發酵型普洱茶(渥堆熟茶)、倉儲微生物發酵型普洱茶(港倉或人工濕倉)，進行了小白鼠急性毒性研究與遺傳性評價經典方法，試驗結果表明茶樣的急性毒性都比烘青綠茶小，且從毒理學的標準(WHO 1977)來看，六個茶樣都屬於實際無毒的範圍。
該文獻指出，雲南茶區的茶園大都分布在山區，其生態環境較好，茶園分散於山林中，自然生態平衡能力強，海拔高氣溫低，病蟲害較少，雲南的農業生產水平較低，經濟較為落後，茶農收入少，用藥少，很多地方一直保持著不施化肥與農藥的習慣，再者，雲南的山高坡陡，偶有用藥也容易被雨水帶走，不易在土壤中殘留，因此農藥殘留超標的問題較少存在。
最後，在此補充一個常識，茶葉有農藥殘留不用驚恐，就像茶葉有重金屬也很正常，只要農殘與重金屬不超標即可，以重金屬為例，它普遍存在於空氣、水與土壤中，茶樹生長時自然會吸收，只要土地(或生產時)沒被汙染，茶葉中極微量的重金屬會透過身體的自然代謝來排除的。至於農藥殘留的問題，台大農藝系陳右人教授指出，茶葉的農藥幾乎都是脂溶性農藥，極少數(低度開發國家為主)才會使用水溶性農藥，而脂溶性農藥在水裏無法融出，反而吃蔬果(或抹茶)需要特別留意農殘問題。因此茶葉檢驗有農殘不用驚恐，重點是殘留量與種類是否符合食品標準規範，符合規範的農殘多數不會融出在茶湯中，少數融出的也因為劑量極低，對身體沒有影響。當然，堅持日常飲食都要有機無毒的朋友們，可以選擇生態茶，只是它們價格多數較為貴些罷了。
結論:
1.後發酵中的微生物作用對於普洱茶品質的形成起了關鍵性的影響，其中細菌、霉菌與酵母菌普遍存在於乾茶中，霉菌毒素則未檢出(例如黃麴毒素）；此外，有極少數的樣本會有重金屬殘留超標與致病性菌種存在的現象。(因此普洱茶別冷泡)
2.普洱茶第一沖茶湯易有菌落數超標的問題，極少數樣本亦有致病性菌種存在，但第一沖茶湯若作為洗茶而倒掉，第二沖以後茶湯的菌落數將符合食品安全規範，而且無致病性菌種存在。當然，較長時間的煮茶法也是殺菌方式之一，但並非絕對必要。(此結論適用於符合標準生產規範的茶廠，包含早期的國營茶廠，至於仿茶或做舊的假老茶不在此列)
3.雖然普洱茶因為雲南產區的生態特性，農藥殘留與重金屬殘留超標的情況較少出現，但消費者對於普洱茶的農藥殘留、重金屬殘留、菌落數等項目，應留意是否符合食品安全規範所要求的標準量與種類，而非要求零檢出。
註1 : 有研究指出，黑麴霉(曲黴)是普洱茶中數量最多的微生物，約佔微生物總量的80%，它能產生葡萄糖澱粉酶(酵素)、果膠酶、纖維素酶等二十種水解酶，食品工業中普遍用來生產有機檸檬酸與酵素
參考文獻表列如下:
區少梅，普洱茶衛生安全品質與儲藏年分相關性之探討，第二屆海峽二岸茶葉科技學術研討會論文集，P71~77，2001年
陳秋娥，普洱茶中黴菌毒素之研究，台大碩士論文，2003年
董坤、熊辛宇、藍增全，普洱茶發酵過程中微生物類群分析，現代農業科技，第1期，2009年
安瑜、李煒、侯彩雲，普洱茶飲用安全性研究，食品科技，第34卷第4期，2009年
王秋霜、陳棟、卓敏，陳香普洱茶品質安全性評價與分析，食品研究與開發，第32卷第11期，2011年
王秋霜、陳棟、卓敏，普洱茶安全性評價研究進展，浙江農業科學，第1期，2011年
陳文品、許玫，普洱茶衛生與安全控制及相關研究現狀，食品安全質量檢測學報，第4卷第5期，2013年
趙振軍、高靜、鄒萬志、黎星輝，普洱茶茶湯存放過程中主要成分變化及飲用安全性分析，河南農業科學，P144~148，2014年
趙振軍、劉勤晉，普洱茶沖泡過程中細菌的安全性分析，湖北農業科學，第53卷第5期，2014年